Mirosław Czekaj ma bogate, blisko 30-letnie doświadczenie w zarządzaniu dużymi podmiotami gospodarczymi, w tym bankami i instytucjami finansowymi. 

W latach 1996-1997 był członkiem Rady Nadzorczej Pomorskiego Banku Kredytowego w Szczecinie. 
W latach 2004-2006 był wiceprezesem Banku Gospodarstwa Krajowego nadzorującym działalność komercyjną banku, współpracę z klientami komercyjnymi i samorządami a także zarządzanie siecią oddziałów.

Od 2009 do 2016 r. pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Rady Nadzorczej PKO Banku Polskiego oraz przewodniczącego Komitetu Audytu w tym banku, gdzie nadzorował m.in. proces raportowania finansowego, audytu wewnętrznego, zarządzania ryzykiem, zarządzania zgodnością oraz audytu zewnętrznego.

Wielokrotnie był przewodniczącym lub członkiem rad nadzorczych, m.in. Miejskich Zakładów Autobusowych, Metra Warszawskiego, Miejskiego Przedsiębiorstwa Taksówkowego oraz Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej. 

Od stycznia 2007 do kwietnia 2024 r. Mirosław Czekaj pełnił funkcję skarbnika m.st. Warszawy, gdzie był odpowiedzialny za m.in. gospodarkę i politykę finansową, skonsolidowaną sprawozdawczość ponad 1000 jednostek, podatki i księgowość. Odpowiadał także za zarządzanie długiem, płynnością i ryzykiem finansowym, w tym emisje papierów wartościowych oraz współpracę z międzynarodowymi instytucjami finansowymi, bankami, agencjami ratingowymi i audytorami.

Doktor habilitowany Mirosław Czekaj jest adiunktem w Kolegium Nauk o Przedsiębiorstwie SGH w Warszawie, gdzie specjalizuje się w zagadnieniach naukowych dotyczących w szczególności finansów publicznych, w tym planowania budżetowego oraz sprawozdawczości finansowej. Jest autorem kilkudziesięciu publikacji o tej tematyce w krajowych i zagranicznych czasopismach naukowych.

Mirosław Czekaj jest biegłym rewidentem nr 8476.